異源蛋白質(zhì)在細(xì)菌中表達(dá)是目前使用的主要的蛋白生產(chǎn)系統(tǒng)。大腸桿菌一直是最經(jīng)濟(jì)的系統(tǒng)之一。然而為了生產(chǎn)需要特異修飾、胞外分泌或有特異折疊需要的蛋白質(zhì)，其他表達(dá)系統(tǒng)也是需要的。真核細(xì)胞在表達(dá)原核來(lái)源的基因、真核基因的cDNA拷貝或其他無(wú)內(nèi)含子的基因時(shí)可能表現(xiàn)很多特異問(wèn)題。富含AT的基因在很多真核細(xì)胞中表達(dá)時(shí)會(huì)遭遇很劇烈的障礙。主要的真核信號(hào)序列如 加poly-A的位點(diǎn)、酵母轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)和真核mRNA去穩(wěn)定序列都是富含AT的。內(nèi)含子序列也趨向于富含AT，盡管他們有參與剪切過(guò)程的很特異的識(shí)別序列。雖然絕大多數(shù)原核基因沒(méi)有剪切或聚腺苷過(guò)程，但這些真核過(guò)程需要的保守序列可能存在于原核基因中，因此當(dāng)這些基因在真核細(xì)胞中表達(dá)時(shí)可能引起特異的問(wèn)題。而且諸如哺乳動(dòng)物和單子葉植物細(xì)胞的特異真核表達(dá)系統(tǒng)可能不能有效地表達(dá)無(wú)內(nèi)含子的基因。
真核mRNA在離開(kāi)細(xì)胞核進(jìn)而在胞漿的核糖體上被翻譯前需要特異的處理和修飾。這些過(guò)程包括去除內(nèi)含子、5'端甲基化帽子形成和3'端加poly-A。內(nèi)含子去除需要5'剪切位點(diǎn)、G75/G100U100A65AG65U保守序列、3'剪切位點(diǎn)、富含密啶NC66A100G100/G56保守序列和C72T98R77A100Y75保守序列。有效的加poly-A和mRNA剪切需要一個(gè)由兩個(gè)部分組成的信號(hào)：加poly-A保守序列AAUAAA和在切割位點(diǎn)內(nèi)的50個(gè)堿基的富含GT的序列。酵母真核轉(zhuǎn)錄終止序列（幾個(gè)不同的富含AT序列,如含TTTTTATA，TATATA，TACATA，TAGTAGTA的一個(gè)38bp區(qū)域）被研究的最清楚。這些結(jié)果來(lái)自對(duì)酵母突變體CYCI mRNA的mRNA水平和相對(duì)長(zhǎng)度的確定的實(shí)驗(yàn)。近期用in vivo質(zhì)粒穩(wěn)定性分析的研究結(jié)果證明：TATATA似乎和原始的38bp野生型區(qū)域一樣有效地終止轉(zhuǎn)錄，而TAGATATATATGTAA和TACATA效率差些，TTTTTTTATA幾乎沒(méi)有效率。所有這些序列在反方向時(shí)沒(méi)有終止轉(zhuǎn)錄功能。不幸的是幾乎沒(méi)有其他真核表達(dá)系統(tǒng)轉(zhuǎn)錄終止序列方面的信息。
內(nèi)含子對(duì)幾個(gè)哺乳動(dòng)物基因的正常表達(dá)是必需的，包括Beta-球蛋白、SV40 late mRNA和二氫葉酸還原酶基因。單子葉植物細(xì)胞充分表達(dá)乙醇脫氫酶的cDNA拷貝、報(bào)告基因氯霉素乙酰轉(zhuǎn)移酶、Beta葡萄糖苷酸酶和其他缺乏內(nèi)含子的基因時(shí)也依賴(lài)內(nèi)含子。轉(zhuǎn)錄區(qū)域內(nèi)引入內(nèi)含子可以通過(guò)未確定的轉(zhuǎn)錄后機(jī)制增強(qiáng)表達(dá)。（免疫球蛋白基因）內(nèi)含子可能也包含轉(zhuǎn)錄增強(qiáng)子，因此通過(guò)轉(zhuǎn)錄機(jī)制增強(qiáng)表達(dá)。